お金にまつわる知恵袋 [五島洋税理士事務所監修]

※以下の内容は，国税庁HPに掲載されています。

照会要旨

A市では、少子化社会対策基本法を背景とした条例及び規則に基づき、A市に居住する住民に対して次の内容の助成金等を支給することとしていますが、所得税法上どのように取り扱われますか。

1. 1　不妊治療費に係る助成金（以下「不妊治療費助成金」といいます。）
   不妊治療を行っている夫婦の経済的負担軽減を目的として、一の継続した不妊治療に係る費用として一定の医療機関に支払った自己負担額に対し、一定額を支給します。
2. 2　医療費の窓口支払免除又は医療費の支払に係る助成金
   小児等の健康管理の向上に寄与するため、中学3年生までの子の保険診療に係る医療費として支払うべき自己負担額について、一定の医療機関の窓口における支払を免除しますが、窓口支払免除の対象者が、医療機関の窓口で医療費を支払った場合には、後日、その支払金額に相当する額を助成金（以下「医療費助成金」といいます。）として支給します。

回答要旨

不妊治療費助成金及び医療費助成金のいずれも、所得税法施行令第30条第1号の「損害保険契約に基づく保険金及び生命保険契約に基づく給付金で、身体の傷害に基因して支払を受けるもの」に類するものとして、非課税所得として取り扱われます。
なお、医療費控除の適用に当たっては、その対象となる医療費の金額から支給を受ける不妊治療費助成金及び医療費助成金の額を控除することとなります。

不妊治療費助成金及び医療費助成金は、いずれも地方公共団体が定めた条例又は規則に基づき、一定の医療機関において治療等に要した費用（医療費）を支払ったことに基因して支給される、医療費の助成を主たる目的とするものです。

すなわち、生命保険契約等とされている身体の傷害又は疾病にかかったことにより医療費を支払ったことに基因して保険金が支払われる保険契約（所得税法第76条第3項第4号、所得税法施行令第210条の2第1号）に基づく保険金又は給付金に類するものと認められます。

したがって、不妊治療費助成金及び医療費助成金は、所得税法施行令第30条第1号に規定する「損害保険契約に基づく保険金及び生命保険契約に基づく給付金で、身体の傷害に基因して支払を受けるもの」に類するものとして、非課税として取り扱われます（所得税法第9条第1項第17号、所得税法施行令第30条、所得税基本通達9－21）。

また、医療機関の窓口での自己負担額の支払が免除される場合の経済的利益についても、医療費をいったん支払った上で医療費助成金が支給される場合と実質において異なるものではないことから、この経済的利益についても同様に非課税として取り扱うのが相当です。

なお、不妊治療費助成金及び医療費助成金は、所得税法第73条第1項かっこ書に規定する「保険金、損害賠償金その他これらに類するもの」に該当しますので、その支給の基因となった医療費について医療費控除の適用を受ける場合には、医療費控除の額の計算上、医療費の金額から支給を受ける不妊治療費助成金及び医療費助成金の額を控除することとなります（所得税法第73条第1項、所得税基本通達73－8(1)）。

関係法令通達

所得税法第9条第1項第17号、第73条第1項、第76条第3項第4号、所得税法施行令第30条、第210条の2第1号、所得税基本通達9－21、73－8(1)

注記
平成22年7月1日現在の法令・通達等に基づいて作成しています。
この質疑事例は、照会に係る事実関係を前提とした一般的な回答であり、必ずしも事案の内容の全部を表現したものではありませんから、納税者の方々が行う具体的な取引等に適用する場合においては、この回答内容と異なる課税関係が生ずることがあることにご注意ください。